Bilindiği gibi Yavuz Sultan Selim, şiddetiyle ve hiddetiyle meşhur bir Osmanlı padişahıdır.
Yavuz zamanında, İran’la imparatorluğun arası son derece açılmıştı.
Bu mesele, yani Hiristiyanların da kılıçtan geçirilmesi hakkında, Şeyhülislam Zembilli Ali Efendi’den fetva istedi.
Şeyhülislam ise, gizlice patriğe haber gönderip meseleyi bildirdi ve padişahın huzuruna bir heyet göndermelerini tavsiye etti.
Rum patriğinin padişahın huzuruna çıkmasını ise Sadrazam Piri Paşa ile görüşen Şeyhülislam Zembilli Ali Efendi temin etmişti.
Rum patriği padişahın huzuruna çıkmak üzere Edirne’ye geldiği zaman, Piri Mehmet Paşa sözünde durdu ve heyet huzura kabul edildi.
Yavuz, ”İstediğiniz nedir?” diye sorduğunda, onlar Şeyhülislam’ın verdiği talimat üzere şunları söylediler:
”Sultanım, dedeniz Fatih, İstanbul’u aldığı zaman hiçbir şekilde İslam dinine girilmesi için kimseyi zorlamadı.
Hatta Hiristiyan din adamları Fatih’den büyük yakınlık gördüler ve kiliselerinde ibadetlerine devam ettiler.
Eğer yanmamış olsaydı, size Fatih’in fermanını bile ibraz edebilirdik. Hem Kur’an-ı Kerim’de de: ‘Dinde cebr yok’ buyurularak bir serbesti ve hürriyet tanımıştır,” dediler.
Rum heyetinin bu sözleri, huzurda bulunan bazlı yaşlı yeniçerilerin tasvibiyle Yavuz ”Kılıçtan Geçirme” kararından vazgeçiyor ve bütün kiliseleri camiye çevirmekle yetiniyor.
Hiristiyanlara ise dilerlerse ahşap olmak şartıyla kilise yapmalarına müsade ediyor.
Bu meselede görüldüğü gibi, Zembilli Ali Efendi, İslami hükümlerin tatbikinde hiçbir zaman hissi hareket etmemiş ve daima İslami çerçeve içinde kalmayı tercih etmiştir.