1543’teki Nice seferinden sonra Barbaros Hayreddin Paşa bir daha sefere çıkmadı. Tersanelere çeki düzen vermekle uğraştı. Hastalandıktan kısa bir süre sonra 5 Temmuz 1546’da vefat etti. Ölümüne ”Mate Reisü’l Bahr= 1546 (Denizin Reisi öldü)” sözü ile tarih düşüldü. Hayatta iken yaptırdığı Beşiktaş’taki medresenin yanındaki türbeye gömüldü. Osmanlı donanmasının hareket ettiği yer olan bu limana gömülmeyi kendisi vasiyet etmişti. Böylece öldüğünde bile çok sevdiği denizden ve gemilerden uzak kalmayacaktı. İstanbul’dan ayrılacak olan donanma Beşiktaş’taki Hayreddin iskelesine demir atar, sonra denize açılırdı.
Sorularla Osmanlı İmparatorluğu – Erhan Afyoncu
