Sadrâzam’dan zorla mühr-i hümâyûn’u aldı. Sonra Topkapı Sarayı’na yürüdü. Bâb-ı Âlî baskınını öğrenen ve Alemdar’ın maksadını anlayan IV. Mustafa, saray kapıları kapatmış, uğursuz tedbirlerini almıştı. Alemdar, son fırsatı da kullanamadı. Hemen kapıları yıkıp padişahı tevkif edecek yerde, şeyhülislâmı gönderip, IV. Mustafa’nın tahttan feragat etmesini bildirdi. Hükümdar, şeyhülislâmın sözlerini bile dinlemeden, eski padişahın Selimle, kendi kardeşi olan Veliaht – Şehzade Mahmud’un öldürülmeleri emrini verdi. Hayatta başka şehzade olmadığı için, bu cinayetler gerçekleştiği takdirde Alemdar, mecburen Mustafa’yı tanıyacaktı.
Başçuhadar Gürcü Abdülfettah, îmrahor Kör Mehmed, Hazîne Kethüdası Ebe Selim, Tebdil Hase kisi Bağdadh Hacı Ali ve Bostancı Deli Mustafa adlarındaki Enderûn’un yüksek rütbeli subaylan, yanlarına 20 kadar asker alıp Selim’in dairesine gittiler. Büyük hükümdar bu sırada ney üflüyordu. Kendisini korumak isteyen eşi Re’fet Kadınefendi’yi yere fırlatıp padişahın hizmetçilerinden Pâkize Usta’nın parmaklarını kılıçla doğrayan katiller, 3. Selim’in üzerine yürüdüler. Silâhı olmadığı için birkaç saniye kendini çaldığı sazla savunan padişah, sağ şakağına yediği bir kılıç darbesiyle şehit edildi.
Eşinin üzerine kapanan Re’fet Kadınefendi ile iki cariyeye dokun mayan katiller, daireyi terk ettiler. 2. Osman’ın şehit edildiği Hâle-i Osmaniye’nin üzerinden tam 186 yıl, 2 ay ve 9 gün geçmişti. Diğer bir katiller sürüsü de, Veliaht-Şehzade Mahmud’u avlamaya çalışıyordu Amcaoğlu 3. Selim’in dairesinin basıldığını öğrenen 23 yaşındaki Veliaht, elinde kılıç bekliyordu. Şehzade Mahmud’un ağaları, kapılar tutulduğu için, efendilerini bacadan dama çıkarmak için çalışıyorlardı. Veliaht’ın hayatı, bir veya iki dakikalık bir zamanın kazanılmasına bağlıydı. Şehzade’nin hizmetkârlarından Çevri Kalfa adındaki Çerkeş cariyesinin mangaldaki kızgın külleri kürekleyip katillerin gözlerine doğru serpmesi, bu dakikaları kazandırdı.
Bacadan dama çıkan Sultan Mahmud, Ebe Selim’in fırlattığı hançerle kolundan yaralanmasına rağmen, lalası Ağa’nın dayadığı merdivenden, sarayın avlusuna indi.IV. Mustafa, Alemdar’ın ümidini kırmak için, 3. Selim’in cesedini avluya naklettirmişt.. İlerleyen Paşa, cenazeyi görünce:
“Vây Efendim, seni iclâs içün bunca yerden geleyim de şu kör olası gözlerim seni bu halde görsün; hemân “Enderim Halkı” denen hâinleri katliâm edip intikamını alayım!” diyerek 3.Selim’in üzerine kapandı, ağlamaya başladı. Paşa’nın maiyetindekiler, ağlamakla geçirilecek bir saniye bile olmadığım, Veliaht-Şehzade’nin hayatının kurtarılması icap ettiğini hatırlattılar.
Tam bu sırada uzaktan yaralı ve perişan bir halde Sultan Mahmud göründü. Veliahd’ı tanımayan Alemdar: “Abe bu da kimdir?” diye sorunca İmam Hâfız Efendi: “Sultan Mahmud Han Efendimiz bu-dur!” dedi. Derhal etek öpen Alemdar, Veliaht – Şehzade’ye, padişah sıfatiyle biat etti. Alemdar, Saray’a girip 3. Selim’i şehit eden Enderunluları kılıçtan geçirmek niyetindeyken Sultan Mahmud: “Sen o işle mukayyed olma, şimdi as kerini dağıt, arkamdan gel!” emrini verdi. Askerini çeken Alemdar Mustafa Paşa, Sultan Selim’in hediyesi olan mücevherli hançerinden başka silâhlarını çıkarıp yeni hükümdarın arkasından Hırka-i Saadet Dâiresi’ne doğru yürüdü. Daha yolda 2. Mahmud, sadâreti Alemdar’a verdiğini bildirdi ve ilk irâdelerini tebliğ etti.
